任何水利水電工程對生態與環境的影響都是有利有弊的。規模巨大的三峽工程呢？經過設計過程中的反復論證，加上大壩蓄水后幾年來的嚴密觀測，我們可以毫不猶豫地得出這樣的結論：總體來看利大于弊。
三峽工程對生態與環境的影響有利有弊，且影響的時空分布不均勻。其影響自工程準備期開始，會持續很長時間。有些影響如施工的影響只在一定時期內發生作用，而有些影響如泥沙淤積等則長期存在，并具有累積性。不同時段受影響的因子和強度不同，年內各月影響變化與水庫水位調控密切關聯。在空間分布上，有利影響主要在中游，而不利影響主要在庫區，但主要的不利影響大多數在采取對策和措施后可得到減免。
有利影響主要有：
1、可有效控制長江上游洪水，提高長江中下游特別是荊江河段的防洪能力，有效地減免洪澇災害帶來的生態與環境的破壞，減緩洞庭湖的淤積和萎縮；
2、提高長江中下游的抗旱能力，大旱之年能為中下游提供生活供水和生態補水。有利于珍稀特有魚類越冬，減少上海市飲用水源受咸潮影響時間；
3、增加長江中下游枯水期流量，有利于改善枯水期水質和增加航道水深，并可為南水北調提供水源條件；
4、三峽水電站利用水能資源發電，與燃煤發電相比，可年均減少排放6435萬噸二氧化碳，77萬噸二氧化硫，37萬噸氮氧化物（2010年折算數）；
5、三峽水庫成為深水航道，航運成本與能耗大大降低，拖載能力大大提高，成為典型的節能減排“綠色航線”。
不利影響主要有：
1、水庫淹沒耕地、移民和城鎮遷建，會加劇庫區人多地少的矛盾，并由此可能加劇植被破壞和水土流失；
2、建庫前庫區工業和生活廢水年排放量已超l0億噸，沿江城鎮的局部江段已形成了較嚴重的污染帶。建庫后，庫區水體流速減緩、復氧和擴散稀釋能力下降，水體的自凈能力減弱，若不加強污染源治理，將加重局部水域污染；
3、改變庫區及長江中下游水生生態系統的結構和功能，一些珍稀、瀕危物種的生存條件受到影響，對四大家魚的自然繁殖可能會帶來不利影響；
4、三峽水庫運行后，長江中下游河道出現沖淤變化，上游重慶市江段部分泥沙淤積。
為了把不利影響降到最低限度，國家采取了多種有效措施。比如，外遷了19.6萬農村移民，依法破產關閉了1102戶污染嚴重的受淹企業，每個城市、縣城、集鎮都建設了污水處理廠和垃圾填埋場，實施了工礦企業準入制度，工礦企業生產廢水必須達標排放，水庫內（包括支流）嚴禁網箱養魚；水庫蓄水前進行了嚴格的庫底清理，因此從未發現鼠疫、霍亂病例和血吸蟲宿主釘螺的存在；對瀕危生物（包括植物和水生生物）采取了效果顯著的搶救措施，建立了生態環境多種因子的監測網。
監測成果顯示：三峽庫區及相關區域的生態環境質量總體良好。水庫水質基本穩定在Ⅱ、Ⅲ類水平（經過自來水廠的處理可供飲用），目前出現的生態與環境現象未超出環境影響預測的范圍。
但也應該意識到：三峽工程對庫區的不利影響及其防治，是一項長期而艱巨的任務。需要針對庫區特殊的生態與環境保護要求，制定相應的發展和考核目標，建立生態補償機制，走出一條生態環保與經濟社會發展的雙贏道路。
1993年9月27日，為建設三峽工程、開發治理長江，經國務院批準，中國長江三峽工程開發總公司正式成立；2009年9月27日更名為中國長江三峽集團公司；2017年12月28日完成公司制改制，由全民所有制企業變更為國有獨資公司，名稱變更為中國長江三峽集團有限公司（簡稱中國三峽集團）。經過30多年的持續高質量快速發展，中國三峽集團已經成為全球最大的水電開發運營企業和中國領先的清潔能源集團。
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